论文查重软件通过比对论文文本与已有数据库中的文献，利用文本相似度算法识别相似度高的部分，进而判断是否存在学术不端行为。一般来说，这些软件会检测抄袭、剽窃、自我抄袭、篡改等行为。其中，抄袭检测是最为常见的功能，通过比对文本相似度，标记出重复或高度相似的内容，帮助学术界识别学术不端行为。

此外，论文查重软件还可以识别学术不端行为的其他形式，如数据篡改、图表造假等，通过对文本和图片的分析，识别出潜在的学术不端行为。同时，一些高级的软件还可以识别文献中的语言风格、句法结构等特征，进一步提高学术不端行为的识别准确性。综上所述，论文查重软件通过多种技术手段识别学术不端行为，为维护学术诚信提供有力支持。