学术不端查重主要是指对学术论文、科研成果等文献进行查重，以发现是否存在抄袭、剽窃等学术不端行为。而知网查重则是指利用知网等专业查重工具，对文献进行查重比对，以检测文献的原创性和重复率。

另外，学术不端查重通常由学术期刊、学术机构等内部进行，重点在于维护学术诚信和学术规范；而知网查重则更多用于学术论文写作、学术研究等环节，帮助作者提高文献质量和学术水平。两者虽然都是查重工具，但应用场景和目的有所不同。